Mustafa Erdoğan anayasa teorisi ve hukuku, insan hakları ve siyaset teorisi alanlarında çok sayıda eser verdi. Türkiye Bilimler Akademisi üyesi de olan Erdoğan`ın başlıca eserleri şunlardır: Özgürlük, Hukuk ve Demokrasi (2018), Türk Anayasa Hukuku (2018), Hukuk ve Adalet (2017), Anayasa Hukukuna Giriş (2017), Anayasal Demokrasi (13. b., 2017), Türkiye`de Anayasalar ve Siyaset (9. b., 2016), İnsan Hakları: Teorisi ve Hukuku (4. b., 2014), Aydınlanma, Modernlik ve Liberalizm (2006), Demokrasi, Lâiklik ve Resmi İdeoloji (2. b., 2000).

İnsan Hakları: Teorisi ve Hukuku adlı bu eserde yazar bilinen genel özgürlükçü yaklaşımını korumaktadır. Bu dar anlamda bir hukuk kitabı olmayıp, insan hakları meselesini felsefi-ahlâki perspektifle hukuki analizi birleştiren bir yaklaşımla ele alan bir eserdir. Ancak, felsefi yaklaşım hukuki analizi gölgede bırakmak yerine, ona yol göstermekte ve kitabın fikri tutarlığını güçlendirmektedir. Bu nedenle kitap konuya felsefi ilgi duyanlar yanında, başta öğrenciler ve araştırmacılar olmak üzere "insan hakları hukuku" çalışan ilgili herkes için vazgeçilmez bir kaynak özelliği taşımaktadır...