27 Mayıs 1960 sonrasında Yassıada’da kurulan darbe mahkemesinde görülen İstanbul-Ankara Olayları davasının temelinde iktidar (DP) - muhalefet (CHP) - ordu ilişkileri yatar. Bayar, Menderes, Bakanlar Kurulu, Genelkurmay Başkanı, Emniyet mensupları ve sade DP’li vatandaşlardan oluşan 117 kişilik kalabalık bir "sanık" listesinden 44’ü idamla yargılanmıştır. Mahkemede Bayar, askerin siyasetle uğraşmasının ve siyasete girmesinin bu memleket için felaket olacağına kani olduğunu, bütün tarihimizin de bunu gösterdiğini, askerin siyasete girmemesi için mümkün olan her şeyin yapılması lazım geldiğini, o gün olduğu gibi bugün de aynı görüşü taşıdığını söyler. Bu anlayışa karşılık, 27 Mayıs öncesi İnönü, Meclis kürsüsünden darbeye davetiye çıkarmıştı. Ordu içinde bir zümre ise darbe hazırlıklarına çok öncelerden başlamıştı. Bazı üniversite hocaları muhalefetin destekçisi, darbecilerin akıl hocası olmuşlardı.