1919` da öğrenim gördüğü Avrupa`dan döndükten sonra komünist görüşleri savunmaya başladı. Komünistler bu dönemde en büyük milliyetçi örgüt olan Sarekat İslam`ın (İslam Birliği) işbirliği yapıyorlardı. Ama 1921`de bağımsız bir mücadele çizgisine yöneldiler ve Sarekat İslam`a bağlı bazı yerel örgütlerin desteğiyle devrimci eylemlere giriştiler. Tan Malaka ertesi yıl bir genel grev düzenlemek istediyse de bunda başarılı olamadı ve Hollandalı yetkililerce Hollanda Doğu Hint Adaları`na sürgün edildi. 1922`de Komintern`in (Komünist Enternasyonal) IV. Kongresi`ne Endonezya Komünist Partisi (PKI) adına katıldı ve Komintern`in Güneydoğu Asya ve Avustralya temsilciliğine getirildi.

Tan Malaka 1944`te Japon işgali sırasında Cava`ya döndü. Savaştan sonra iktidarı ele geçirebilmek için, devlet başkanlığını üstlenen Sukarno`ya karşı mücadeleye girişti. Ama Sutan Sjahrir`i başbakanlığa getiren Sukarno karşısında etkisiz kaldı. Bunun üzerine Persatuan Perdjuangan (Birleşik Ayaklanma) adlı örgütü kurarak, Sjahrir`in Hollandalılarla yürüttüğü anlaşma görüşmelerine karşı çıktı. Aralık 1948`de Endonezya devriminin önderliğini ele geçirmek amacıyla Endonezyalıların elindeki Cava`nın Kediri kentinde kandini Endonezya başkanı ilan etti. Hollandalılar Kediri`ye saldırınca kaçtı, ama birkaç ay sonra yakalanarak Sukarno yandaşlarınca idam edildi.