Atina demokrasisinin hiÇ şüphesiz en karanlık sayfalarından biri Sokrates’in MÖ 399’da Ölüme mahkum edilmesidir. Atinalılar demokrasilerine rağmen yetmiş yaşında bir filozofu neden öldürmek istediler? Onları bu kadar rahatsız eden şey neydi? Biraz daha bekleselerdi halbuki Sokrates’in de söylediği gibi ilerlemiş yaşından dolayı kendiliğinden ölecekti. Sokrates`in onurlu ve yasalara saygılı biri olduğundan kimsenin şüphesi yoktu, düşmanlarının bile. Gerçeği söylemek gerekirse Sokrates günümüzde bile yoğun duygulanımlara neden olan güncel ve tartışmalı bir kişilik.

Sokrates gibi fikirlerinden dolayı mahkum edilmiş başka aydınlar da vardı: Protagoras, Anaksagoras gibi... M.Ö. 5. yy.’ın son çeyreğinde Peloponesssos Savaşı’ndan dolayı Atinalılar din konusundan çok hassastılar, bunun nedeni insanların çaresizliği ve savaş nedeni ile bozulan toplum düzeninin yeniden kurulmak istenmesi olabilir. Sokrates dışında diğer aydınlar kaçarak yargılanmaktan kurtuldular. Sokrates kaçma imkanı olduğu halde mahkeme gününe kadar Atina sokaklarında özgürce dolaştı. Duruşma boyunca sürgün cezasını, dostlarından ve kentinden ayrı yaşamayı kabul etmedi.