Kur’an’ın bilimle yorumlanması düşüncesi her ne kadar masum bir çaba olarak görünse de, içinde barındırdığı birtakım problemler yüzünden her zaman tartışmaya açık bir konu olarak kalacağa benzemektedir. Çünkü Kur’an’ın bilimsel düşünce ve verilerle yorumlanma çabasında, onun ispatının ve çağlar boyunca geçerli olduğunun kanıtlanması düşüncesi mevcuttur. Bunun ise modern bilim sayesinde yapılması, bilimi kutsal kitap mertebesine taşımakla aynı şey olarak görülebilir. Öyle ki bu modern bilim kendi kutsallığını kendi içinde taşımaktadır. Bilimsel yorumda Kur’an’ın doğruluk değerinin bilimsel veriler tarafından test edilip onaylanması söz konusudur. Bundan dolayı sık sık bu görüşü savunanlar tarafından bilimsel verilerle Kur’an ayetlerinin bir sorun oluşturmadığı, ikisinin birbirini tamamladığı şeklinde düşüncelere rastlamak mümkündür. Oysa bu sayılan düşünceler hiçbir zaman ilk dönemlerde sorun olarak görülmemiştir. Bilimsel yorumlama savunmacı, özür dileyici, anlayıcı olmaması gibi özelliklerinin yanında belli bir şablonun Kur’an’a uygulanması yönünden diğer yorum şekillerinden büyük ölçüde ayrılmaktadır. Ayrılmasının yanında imkânı ve içinde barındırdığı bazı sorunlar yüzünden eleştiriye açık bir konudur. Kur’an’ın geldiği dilin kurallarını yadsıması, metinsel bağlamın ihmal edilmesi, ilk muhataplarının tasavvurlarını dikkate almaması, din dili açısından ortaya çıkan bazı problemler, bilimsel yorumun elini daraltmaktadır.