1368 yılında Buhara’da dünyaya gelmiştir. Buhara doğumlu olduğu için ‘’Emir Buhari’’ olarak da anılmaktadır. Gönülleri fetheden bu kıymetli zatın tam adı ‘’ Seyyid Muhammed Şemseddin el Buhari’’dir.

‘’Seyyid’’ ünvanı Hz. Peygamber’in (s.a.v) soyundan geliyor olmasından, ‘’Emir’’ ünvanı ise soyunun şerefliliğinden dolayı verilmiştir. Küçük yaşlardayken annesi vefat eder. 18 yaşına gelinceye kadar babasının yanında ilim tahsilinde bulunur.

Babası Seyyid Ali, Fars ve Tacik dillerinde çömlekçi manasına gelen ‘’Külal’’ lakabıyla tanınan devrinin büyüklerinden ve herkes tarafından sevilen sayılan bir zaat idi. Muhammed Şemseddin 18 yaşında iken, babası Seyyid Ali her fani gibi Allah’ın rahmetine kavuşmuştur. Ölmeden oğlu Muhammed Şemseddin’e vasiyet manasına gelen şu ibretli tavsiyelerde bulunur;
-Hiçbir zaman soyunla övünme,
-Peygamberi (s.a.v) anne ve babandan çok sev,
-Selamsız bir topluluğa girme,
-Nikahsız bir kadınla baş başa kalma,
-Her gününü, son gününmüş gibi yaşa,
-Cihadı terk etme,
-İlim öğrenmek için çalış.’’